La terza stagione della serie televisiva Rizzoli & Isles (3), composta da 15 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 5 Giugno 2012 al 25 Dicembre 2012. Disponibile in Italia dal 12 Ottobre 2012 al 25 Aprile 2013.
L'amicizia tra Jane e Maura subisce un'incrinatura dopo che Jane spara al padre biologico di Maura, il gangster Paddy Doyle. Jane si ritrova nel mezzo di un'indagine degli affari interni e la sua relazione con l'agente Dean viene a galla.
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La tensione tra Jane e Maura continua a crescere causando disagi anche a chi gli sta vicino. Ma devono mettere da parte i loro problemi personali per indagare su un caso di uno studente universitario morto in un tunnel.
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Maura fa la conoscenza di un nuovo ragazzo, Dennis, in maniera abbastanza singolare e lui riesce a farle aprire un nuovo lato della sua personalità. Jane nel frattempo deve affrontare emozioni contrastanti quando una persona del suo passato si fa di nuovo viva.
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Jane e Maura si stanno occupando del caso di giovani donne ritrovate morte e vestite come bambole sui mezzi di trasporto pubblico. Angela suggerisce nuove idee per il Caffè mentre Jane scopre nuove informazioni su come Casey si è ferito.
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Jane cerca di trovare un modo per far incontrare Maura con sua la sua vera madre, la dottoressa Hope Davis. Angela viene coinvolta in una campagna politica. Una suora dal passato di Jane e Frankie Jr. riappare sulla scena.
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Un ricco uomo d'affari viene ritrovato in un bidone dell'immondizia con indosso un mantello e una maschera e Jane e Maura cercano di scoprire cosa è successo. Intanto Maura continua a connettersi più a fondo con la sua madre biologica e con la sua sorellastra.
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I detective indagano sull'omicidio di una coppia, entrambi psichiatri. Una misteriosa donna incinta potrebbe avere qualcosa a che fare con la famiglia Rizzoli.
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Una futura sposa viene assassinata la notte prima delle nozze e Jane e Maura cercano di capire se lo sposo rientra tra i sospettati o meno. Intanto Jane ha un nuovo vicino che cattura l'attenzione di Angela, Frankie e Frost.
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La star di una boy band finisce ammazzato prima di un concerto. Jane e Frankie, amici di infanzia della vittima, si buttano a capofitto nelle indagini per scoprire l'assassino. Intanto Jane e Maura decidono che è arrivato il momento di dire la verità a Angela sulla gravidanza di Lydia.
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Il corpo di una donna viene ritrovato in una statua e Jane e Maura cercano di trovare il killer prima che faccia altre vittime. Al quartier generale, un nuovo detective viene aggiunto alla squadra. Intanto Dennis Rockmond torna a Boston e cerca di conquistare nuovamente Maura. Lydia rompe le acque.
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Jane e il team stanno lavorando a un caso di avvelenamento che ha colpito il Caffè della Divisione 1 uccidendo un uomo. Angela e Stanley si ritrovano sotto un intenso scrutinio, Tommy vuole la prova biologica per la paternità del bimbo di Lydia, il detective Korsak riprende i contatti con una delle sue ex mogli.
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Il teama indaga su un suicidio che potrebbe non essere tale. Frost decide di riaprire un vecchio caso. La nuova storia d'amore di Angela non è più un segreto per nessuno.
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Un piccolo produttore di birra viene assassinato e le indagini portano la squadra a indagare sul mondo virtuale e sulle relazioni amorose nate sul web. Angela intanto s'imbarca in una nuova storia romantica.
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Jane e Maura stanno indagando sul caso di un uomo accoltellato durante un evento di beneficenza occorso alla sua vecchia università. La madre di Frost arriva in città in seguito a delle notizie sorprendenti e Casey s'imbatte in Jane.
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Home fa le sue scuse a Maura e le chiede un favore. Jane è preoccupata dall'imminente operazione di Casey. Tommy sta mostrando in giro il piccolo T.J. ma l'atmosfera cambia drasticamente in seguito al crollo di un edificio.
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