La prima e ultima stagione della serie televisiva L'isola, composta da 12 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 2 Dicembre 2012. Disponibile in Italia dal 2 Dicembre 2012 al 21 Gennaio 2013.
Tara Riva, primo comandante donna della Guardia costiera, si sposa con Luca Bottai, geologo marino, capo progetto per una multinazionale in ricerche sullo sfruttamento di fonti energetiche alternative. Stanno per partire per la Tunisia, dove Luca è ormai vicino alla conclusione dei suoi studi, ma un attentato aereo trattiene Tara all'Elba. Il vero obiettivo è Arianna Ferri, anch'essa ricercatrice, che aveva tentato di avvertire Luca sui danni provocati proprio dai suoi esperimenti. L'attentato è orchestrato dalla Energysealine di Leopold Amery, la stessa compagnia per cui lavora Luca, disposta a tutto per assicurarsi questa nuova tecnologia. Nel disastro aereo rimane vittima anche la madre di Adriano Liberato, un latitante ricercato per un omicidio che non ha commesso, che decide di indagare sulle cause di quello che sembra solo uno sfortunato incidente. Nel frattempo Amery viene a conoscenza degli effetti collaterali dei loro esperimenti, e decide di far saltare in aria la piattaforma di ricerche in Tunisia dove si trova tutta l'equipe della Energysealine, compreso Luca. Tara, sconvolta dal tragico accadimento, decide di recarsi in Tunisia per scoprire la verità. Conosce l'avvocato Rami Soliman, zio di una delle vittime, che la aiuta nelle ricerche.
Tara è sconvolta dal dolore ma determinata a scoprire la verità sulla morte del marito. Sospetta che l'esplosione della piattaforma e l'incidente aereo siano collegati, e che la chiave per risalire al loro significato sia Arianna Ferri, la giovane biologa rimasta uccisa nel tentativo di avvertire Luca sugli effetti indesiderati delle sue ricerche. Tara si reca nel suo laboratorio e incontra Adriano Liberato giunto fin lì seguendo un'indagine parallela. Adriano riesce a ottenere i dati contenuti nell'hard‐disk: Arianna si stava occupando di anomalie nei comportamenti delle balene. Nel mare dell'Elba, il sommergibile della EnergySeaLine intraprende segretamente le estrazioni di idrati di metano, una fonte energetica di inestimabile valore che racchiude enormi quantità di acqua purissima. Ma nel corso delle perforazioni, dopo aver provocato alterazioni nel comportamento delle balene, il sommergibile trancia inavvertitamente un cavo sommerso, provocando un blackout in tutta l'isola. Tara salva la figlia di Amery, Vedrana, e due amici della ragazza, Marcello e Sebastiano, che sono stati attaccati da una balena che ha perduto la rotta, e Amery le giura eterna gratitudine. Adriano offre a Tara le informazioni di cui è in possesso in cambio di una collaborazione all'insaputa delle Autorità. Tara rifiuta, pur non sapendo che Adriano è ricercato per omicidio. Intanto l'avvocato Soliman, zio di una delle vittime dell'esplosione della piattaforma, trova l'unico sopravvissuto a quell'incidente. È Luca. Lo accoglie certo di poter risolvere grazie a lui il mistero dell'esplosione, ma scopre che l'uomo ha perso la memoria.
Sempre più impegnata nelle sue indagini, Tara scopre che un gruppo di balene sta transitando fuori dalla rotta abituale. Per salvarle ed evitare qualche disastro, Tara ottiene un blocco navale di ventiquattro ore. Adriano, intanto, viene ospitato a casa di Tara e curato dalla sua amica dottoressa dopo che Amery ha tentato di ucciderlo. Luca, privo di memoria, invece, viene ospitato in Tunisia da Rami Soliman. A seguito dello spiaggiamento delle balene, Luca apre un blog su internet: Tara sembra incuriosita da questo misterioso blogger, che scrive di essere scampato all'esplosione.
Il Blog di Luca viene intercettato sia da Tara che da Leopold Amery, il capo della Energysealine, che ingaggia Elena, detta Quadrophenia, una talentuosa e spregiudicata hacker per scovare il misterioso uomo che si firma Tareq. Privo di memoria, Luca si nasconde in una baracca al riparo da sguardi indiscreti, ma cade nella trappola che Elena gli tende via internet. Per scoprire l'identità della nave fantasma che è stata rilevata al largo dell'Elba, Tara si rivolge ad un ufficiale della Marina, un ex compagno di Accademia. Scoprono così che la nave fantasma è in realtà un sommergibile usato dalla Energysealine per effettuare delle estrazioni dai fondali degli idrati di metano.
Tara è sconvolta: Arturo è morto ed è stata lei a coinvolgerlo in questa storia. L'uomo aveva scoperto qualcosa di importante ma non ha fatto in tempo a comunicarle chi ha acquistato quel sottomarino sovietico.Nel frattempo Leopold Amery spera che Quadrophenia consegni loro Tareq. Ma Elena, dopo essere scampata alla morte, si innamora di Luca e scappa con lui. Luca però vuole la verità: per chi lavora? Perché hanno cercato di ucciderli? Ma neanche una volta giunto all'Isola d'Elba, Luca riesce a ricordare. Adriano intanto ha seguito Kozak fino a casa, dove scopre che l'uomo è ossessionato da Tara. Liberato avverte così il Comandante della Guardia Costiera: tra i due ormai è innegabile che ci sia un'attrazione reciproca.
Tara si rivolge ai carabinieri per aprire un'indagine ufficiale, ma il capitano Tebaldi la informa che le presunte prove sono state tutte smontate. Un modo per far ripartire l'inchiesta ci sarebbe: scovare Adriano Liberato, un latitante che ha segretamente collaborato con Tara nella sua indagine personale. Ma è stata Tara a nascondere Adriano nel padiglione abbandonato dell'ospedale e non può tradirlo.
Tara, insieme ad Adriano, decide di partire per l'Isola di Montecristo alla ricerca di suo marito Luca. A Montecristo, intanto, Luca ed Elena sono braccati da Nikolai e i suoi uomini, ma l'arrivo di Tara e Adriano li mette in salvo. Tara finalmente può riabbracciare suo marito, purtroppo, però, si rende immediatamente conto che Luca ha perso la memoria. Gli uomini di Nikolai, nel frattempo, hanno trovato il loro nascondiglio e sono pronti all'attacco.
Tara, Elena e Luca vengono catturati dagli uomini di Amery e vengono condotti nel sommergibile della EnergySeaLine, mentre Adriano, dato per morto, riesce a raggiungere l'Elba. Luca individua un sensore sospetto nelle tubazioni della Energysealine, ovvero la sonda inserita dai guardacoste per scoprire dove conducono, ma Leopold decide di far saltare il condotto di tubazioni impedendo così alla Guardia Costiera di risalire alla sua base. Tara, intanto, viene importunata da Nikolai, che prova una morbosa ossessione nei suoi confronti.
Tara prosegue le sue indagini e lo fa partendo dalla morte di Rosi, con il quale era venuto a contatto un altro Guardiacoste. Eleonora, intanto, credendo che Tara non sia in grado di occuparsi da sola delle indagini, rivela ai Carabinieri il nascondiglio di Adriano, che di conseguenza viene arrestato. Nikolai, appresa la notizia, decide di farsi arrestare per incontrare Adriano e proporgli un patto: la consegna di Luca in cambio dell'antidoto per salvare Tara dal veleno mortale. Marcello, intanto, esce in mare per capire a cosa corrispondono i simboli che si trovano sulla mappa di Leopold Amery. In seguito, però, viene rinvenuto in mare il corpo del ragazzo privo di vita.
Tara riesce a far evadere Adriano, non sa che l'uomo ha scoperto da Nikolai una verità tremenda: è stata avvelenata. Adriano, pur di salvare Tara, ha accettato di consegnare a Leopold e Nikolai il marito di Tara, Luca. Nel frattempo Elena raggiunge la sede della Darkwater, l'agenzia di sicurezza che dà la caccia a Luca, e riesce così ad entrare in possesso di un dossier dell'esplosione della nave di ricerche che è costata la vita a molti uomini. Intanto, i terremoti in mare intorno all'Isola d'Elba aumentano d' intensità.
I terremoti, causati dalle attività estrattive della EnergySealine, non si arrestano e Tara inizia a organizzare le operazioni di evacuazione dell'Isola d'Elba. Intanto, Adriano consegna Luca a Nikolai, con la speranza di ottenere così l'antidoto che salverà Tara dal veleno che le è stato somministrato. Ottenuto Luca, l'unico che può fermare questi terremoti e ''salvare'' sia l'isola sia le estrazioni della EnergySealine, Nikolai cerca di usurpare ad Amery il ruolo di capo. Intanto, il veleno che scorre nelle vene di Tara inizia a fare effetto, riuscirà Adriano a salvarla?
Tara si risveglia, l'antidoto che ha somministrato Adriano ha funzionato. Nel frattempo, i terremoti sull'isola continuano, l'inondazione dell'arcipelago sembra ormai certa se nessuno riuscirà a fermare le estrazioni della EnergySealine. Luca, Tara e gli altri raggiungono il cuore del sistema estrattivo della multinazionale, un computer che gestisce tutte le estrazioni e che solo un codice può bloccare. Dopo vari tentativi riescono a capire qual è il codice e a fermare le estrazioni. Tutto sembra risolto, l'arcipelago è salvo e gli abitanti possono tornare nelle loro case. Ora Tara, Luca, Adriano ed Elena dovranno fare i conti con i loro sentimenti.