La seconda stagione della serie televisiva K.C. Agente Segreto (2), composta da 24 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 6 Marzo 2016 al 13 Gennaio 2017. Disponibile in Italia dal 27 Maggio 2016 al 11 Giugno 2017.
K.C. sta finalmente accettando l’idea di non essere più una spia, ma quando un temuto criminale fugge, i Coopers hanno la possibilità di tornare a far parte dell’Organizzazione.
Quando qualcuno si presenta come un parente, Kira è costretta a rivelare un segreto di famiglia nascosto per anni. Nel frattempo, Marisa ed Ernie danno a K.C. dei consigli su come gestire il suo primo appuntamento con Darrien.
Kira proibisce a K.C. di frequentare la cugina Abby, che ha appena conosciuto, ma la ragazza trova un modo per aggirare gli ordini della madre.
Kira, nonostante sia contraria, decide di aiutare K.C. a far ricongiungere Abby con la madre Erica, che per anni si è nascosta sia da l'Altro Lato che dall’Organizzazione.
K.C. cerca di capire chi si nasconde dietro il misterioso incidente in cui è rimasto ferito Darien. Nel frattempo, Craig viene nominato capo della sicurezza per un candidato alla vicepresidenza.
K.C. e il resto dei Cooper cercano di fermare gli agenti nemici Erica e Abby che stanno lavorando con il capo de l'Altro Lato per sabotare un importante evento politico,
Ernie cerca di impressionare l'Organizzazione con le sue abilità scientifiche creando un siero della verità, ma tutto si complica quando K.C. lo beve accidentalmente e subito dopo deve completare un colloquio per aiutare Marisa a trovare un lavoro.
K.C. e Craig cercano di aumentare la fiducia in se' stesso di Ernie dicendogli che è a capo della prossima missione, anche se segretamente è K.C. che la gestisce.
K.C. va sotto copertura in una casa di riposo travestita da anziano cittadino di nome Bernie e si conquista l’affetto di Irma, un’anziana e grintosa collega.
Quando Craig e Kira scoprono di non essersi mai stati legalmente sposati, K.C. decide di organizzargli un nuovo matrimonio per dargli una seconda occasione.
K.C. deve trovare una spia sotto copertura per passare un test per ottenere una promozione all'interno dell’Organizzazione. Nel frattempo, Petey cerca di spaventare Judy.
Quando K.C. cerca di catturare Noah Stone, un hacker molto ricercato, deve competere con Pinky Carter, un cacciatore di taglie adolescente, determinato a prendere in custodia l'hacker.
Quando K.C. deve catturare un gruppo di contrabbandieri di fuochi d'artificio deve, con riluttanza, essere affiancata da un nuovo partener: Dexter, un cane spia.
K.C. e la sua famiglia usano una miriade di travestimenti per catturare un ladro di opere d'arte e tra l’altro sono costretti ad andare sotto copertura in un circo itinerante.
Nonna Gayle riporta Ernie e K.C negli anni '70 per mostrargli come Cleo Brown divenne la prima donna di colore a diventare una spia dell'Organizzazione.
K.C e Kira ricevono la nomination per il premio “Spia dell’anno” ma Tony "The Big Toe" Tolentino si imbuca alla cerimonia segreta per vendicare suo padre.
Ernie e K.C. vanno sotto copertura e si uniscono a un gruppo di ambientalisti, molto sospetti, chiamato I Volontari. Craig si prepara per il suo nuovo incarico, deve proteggere un ambasciatore.
K.C. riceve una missione dall'organizzazione de I Volontari che la contrappone a Craig e al suo incarico di proteggere l'ambasciatore.
A Halloween K.C. entra in un gioco di realtà virtuale per salvare Ernie, le due spie adolescenti devono affrontare l'universo alternativo e gli agenti nemici Darci e Damon, le due menti che hanno creato il diabolico gioco.
K.C. si traveste da sua madre per nascondere la sua identità di spia quando una rivista scolastica vuole intervistarla come studentessa più intelligente della sua scuola.
Una missione super segreta di K.C. viene compromessa per la presenza di agenti nemici, K.C. è incaricata di trovare la talpa all’interno dell’Organizzazione.
È Natale e K.C. dice a tutti che deve andare a prendere un regalo dell'ultimo momento, invece va dal dottor Levinstein, il terapeuta dell'organizzazione.
I Coopers lavorano sotto copertura in un club di motociclisti per trovare Richard, il capo de l’Altro Lato. Nel frattempo, K.C. sostiene di aver visto la cugina Abby, ma il resto della famiglia pensa che la ragazza sia sopraffatta dai sensi di colpa per averla uccisa.
K.C. e la sua famiglia si ritrovano al centro di un epico scontro tra spie contro l’Altro Lato dopo il ritorno della malefica zia Erica e la sua famiglia.