La quinta e ultima stagione della serie televisiva Eureka, composta da 13 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 16 Aprile 2012 al 16 Luglio 2012. Disponibile in Italia dal 2 Gennaio 2013 al 13 Febbraio 2013.
L'astronave Astraeus ritorna sulla Terra dopo quattro anni e il suo equipaggio scopre che parecchie cose sono cambiate...
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Il Senatore Wen arresta il gruppo di ricerche e Kevin disegna uno strumento in grado di trovare l'astronave Astraeus che è ancora mancante dopo quattro mesi. Purtroppo la messa a punto del progetto si ferma quando Andy e Carter sono arrestati per aver rubato un componente essenziale alla macchina.
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Beverly Barlowe si fa di nuovo viva a Eureka per chiedere l'aiuto di Carter per liberare l'equipaggio della Astraeus. Il piano di salvataggio trasferisce Carter nel mondo virtuale dell'equipaggio.
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L'equipaggio della Astreus cerca di superare la loro esperienza con la Matrix, Fargo non riesce ad accettare la morte di Holly e l'ultimo progetto di Parrish minaccia di ravvivare vecchie animosità.
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L'equipaggio si sforza di andare avanti dopo gli ultimi eventi, ma la visita di Warren non fa che aumentare la tensione.
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Henry organizza una prova generale antipanico che finisce in un disastro mentre Fargo deve vedersela con una dura verità.
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I piani romantici tra Carter e Allison si ritrovano complicati da un sottomarino e tocca a loro due salvare l'equipaggio, sempre che lei riesca a mettere in ordine il disastro causato alla Global Dynamins.
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Fargo è convinto che Holly si trovi ancora nel computer Matrix ma il Dipartimento della Difesa è determinato a cancellare il disco rigido eliminando per sempre la possibilità di salvare la dottoressa Marten.
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Carter subisce un dosaggio di una droga che lo rende più intelligente ma le sue teorie mandano all'aria le leggi della fisica mettendo in pericolo i suoi amici e l'intera città.
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La luna di miele di Jack e Allison viene interrotta quando a Eureka si scopre un sabotaggio. Holly intanto sta affrontando nuove battaglie.
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Un esperimento andato male isola Eureka dal resto del mondo e minaccia di uccidere tutti gli abitanti della città, a meno che Carter non scopra il sabotatore prima che sia troppo tardi.
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Gli abitanti di Eureka vengono rapiti e sostituiti da doppioni. Allison, Fargo e Zane cercano di capire cosa sta succedendo prima di essere rapiti a loro volta.
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Il Dipartimento della Difesa ha deciso di chiudere Eureka, ma l'evacuazione della città è ritardata dall'apparizione di un tunnel spaziale.
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