La prima e ultima stagione della serie televisiva Emily Owens, M.D., composta da 13 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 16 Ottobre 2012 al 5 Febbraio 2013. Disponibile in Italia dal 11 Agosto 2013 al 23 Agosto 2013.
La dottoressa Emily Owens è felice di lasciarsi alle spalle il periodo scolastico per dedicarsi al suo internato al Denver Memorial Hospital, ma con suo sommo disappunto scopre che il suo nuovo ambiente di lavoro non è altro che la versione adulta del liceo, con tutto quello che ne consegue.
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Emily non è al corrente della sua cattiva reputazione con le infermiere almeno fino a quando una di loro non le affida un caso particolare per vendicarsi. Emily svela i suoi sentimenti per Will ma poi cerca di evitare imbarazzi e finge di avere una cotta per qualcun altro. La vita di un paziente è in gioco e Emily pensa di usare il segreto di cui è a conoscenza per ottenere l'approvazione del capo su una procedura.
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Gli interni hanno la possibilità di assistere a un'operazione se rispondono correttamente a un test e le uniche ad arrivare in 'finale' sono Emily e Cassandra. Intanto l'ospedale si occupa di un'epidemia di malattie veneree a un liceo locale e Emily accetta a malincuore di parlare a un gruppo di ragazze per esporre le metodologie di rapporti sessuali sicuri.
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Emily e Micah lavorano intensamente per trovare un rene alla loro paziente, ma rimangono senza parole quando lei rifiuta il trapianto. Emily assiste Hamada e Bandari in una procedura molto rischiosa su una donna che aspetta due gemelli. Intanto, nel tentativo di tenere Cassandra lontano da Will, Emily cerca di ottenere il posto di assistente del dottor Bandari.
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Un paziente sotto l'influsso di droghe si prende gioco di Emily facendola diventare lo zimbello di tutto il pronto soccorso. Emily e Will scoprono che il loro giovane paziente ha bisogno di un trapianto di fegato, ma nessuno dei due genitori è compatibile. Cassandra cerca di ottenere informazioni su Will facendo la simpatica con Emily, Tyra organizza un appuntamento alla cieca per Emily con il suo ex ragazzo.
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Emily e Tyra si occupano di una paziente che soffre di una condizione per la quale i genitori dovranno prendere una difficile decisione in merito al suo futuro. Emily riceve l'incarico da Bandari di occuparsi di un paziente molto religioso che ha subito un crollo della fede. Will è impaziente e formula una diagnosi senza aspettare i risultati di laboratorio, rompendo il protocollo.
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Un fioraio molto amato dalla comunità perde i sensi per via di un malore ma rifiuta di farsi curare. Emily e Will si stanno occupando di un detenuto ma non riescono a rimanere professionali e distaccati per via dei crimini commessi dal paziente.
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Una donna, vittima di un incidente automobilistico, arriva al pronto soccorso e tutti immediatamente danno la colpa al fidanzato della vittima per l'accaduto, portando a galla dolorosi ricordi per Will. Emily scopre che la sua paziente malata di cancro si rifiuta di sottoporsi alla chirurgia ricostruttiva. Will è costretto a scegliere tra due metodi di studio, quello di Cassandra o quello di Emily, cosa che rende quest'ultima estremamente competitiva.
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Emily accetta un appuntamento alla cieca con un amico di Cassandra, ma la serata viene interrotta bruscamente. Will è convinto che un paziente di cui si sta occupando è affetto da disordini mentali per via del costume che indossa. Una donna d'affari viene ricoverata in seguito a una crisi cardiaca ma rifiuta di abbassare la soglia dello stress.
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Dopo un lungo anno di assenza, il dottor A.J. Aquino ritorno al Denver Memorial, ma prima che possa riunirsi allo staff, il Capo insiste che metta da parte l'ascia di guerra con il dottor Bandari. Emily si occupa di una paziente convinta di avere poteri paranormali e che è convinta di poter predire la sua morte con i tarocchi. Cassandra e il dotttor Bendari curano un paziente che ha bisogno di un trapianto di polmone, ma Micah scopre un nuovo problema medico che mette il paziente di fronte a una decisione difficile. Emily decide di testare la sua teoria, convinta che Will è effettivamente della persona con cui lei è uscita di recente.
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Emily, Will e Cassandra sono in competizione per diventare l'assistente del Dottor Bandari e si creano delle tensioni quando gli viene richiesto di descrivere i rispettivi difetti. Emily è determinata a risolvere il mistero medico di un giovane paziente che ha una pallottola incastrata nel polmone ma che non mostra avere segni di colpi di arma da fuoco.
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L'ospedale viene inondato dalle vittime di un incidente che ha colpito un autobus durante una tempesta. Emily viene assegnata al triage al pronto soccorso. Durante il caos Emily è costretta a mettere in atto una procedura d'emergenza sul cranio di un marine. Tyra è infuriata dalla mancanza di rispetto da parte di suo padre, ma la situazione cambia quando devono intervenire su una paziente incinta.
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La decisione di Emily di iniziare una relazione con Micah si complica quando Will lo scopre e comincia a mostrarsi geloso. Emily e Tyra si occupano di una paziente turbolenta, ma quando scoprono che vive in compagnia di una moltitudine di gatti si comincia a chiedere se i felini non siano la causa del suo caratteraccio. Cassandra e Will si sono lasciati e lei mantiene un atteggiamento strettamente professionale nei suoi confronti, un fatto che distrae Will e gli fa commettere un errore su una diagnosi. La sorella di Micah arriva in città dopo aver scoperto la verità sulla madre.
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