La prima stagione della serie televisiva Bones (1), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 13 Settembre 2005 al 17 Maggio 2006. Disponibile in Italia dal 4 Dicembre 2006 al 10 Febbraio 2007.
Trama di Bones 1. L'antropologa scrittrice di Best Sellers, Temperance Brennan e l'Agente Speciale Seeley Booth, diventano partner ufficiali nelle indagini che riguardano il ritrovamento di cadaveri non identificabili. Brennan, che Booth chiama affettuosamente Bones (ossa) offre la sua consulenza per l'identificazione di resti che altrimenti rimarrebbero senza nome e senza giustizia. Lavorando insieme con il team di Temperance, i due scoprono di essere una squadra affiatata e ben assortita e quello che era un semplice rapporto di lavoro si trasforma ben presto in una salda amicizia.
La Dottoressa Temperance 'Bones' Brennan è un'antropologa forense di fama mondiale cha lavora al Jeffersonian come esperta nell'identificazione di ossa, inoltre Bones è anche una scrittrice di thriller basati principalmente sulle sue conoscenze scientifiche. L'Agente Speciale Seeley Booth richiede la sua consulenza in merito al ritrovamento di uno scheletro ritrovato sul fondo di un lago. Temperance acconsente ma in cambio richiede una partecipazione attiva alle indagini. Dopo aver lavorato insieme, Seeley convince il suo capo ad assegnargli Bones come partner ufficiale.
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Bones e Booth lavorano sull'omicidio di un uomo ucciso mentre era alla guida di un SUV. Le indagini prendono una svolta inaspettata quando i due si ritrovano sulle tracce di un terrorista.
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Nel campus di una prestigiosa scuola privata viene trovato un corpo in decomposizione appeso ad un albero. Bones arriva sul posto per identificare i resti e scopre che appartengono al figlio di un ambasciatore Venezuelano. L'ipotesi di suicidio non regge e presto viene a galla una trama torbida e intricata che coinvolge lo staff della scuola e alcuni studenti.
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Brennan e Booth si recano a Washington per indagare sul ritrovamento di un braccio umano rinvenuto nello stomaco di un orso bruno.
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Booth chiede l'aiuto di Brennan per localizzare e identificare le ossa di un bambino di sei anni, Charlie, scomparso tempo addietro mentre si trovava al parco.
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Temperance e Angela si trovano in una discoteca e finiscono in una rissa, Bones spinge un uomo nel muro del locale, causandone la rottura. Dietro la parete si scopre un cadavere mummificato e un deposito di metanfetamine.
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L'avvocato di un condannato a morte si rivolge a Booth per provare l'innocenza del suo cliente prima dell'esecuzione. Booth acconsente e si rivolge a Bones e al suo team per riesaminare le prove del caso.
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Temperance ha un appuntamento galante con il suo ex professore con il quale ha avuto una storia anni fa. Booth arriva giusto in tempo per mandare all'aria la cena e chiedere a Brennan di identificare i resti di una giovane donna ritrovati in un frigorifero.
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Brennan e la sua squadra stanno lavorando per identificare il corpo di un uomo ritrovato in un rifugio antiatomico. Durante gli esami, Zack rilascia accidentalmente un fungo mortale nell'aria del laboratorio, costringendo i presenti a rimanere in quarantena durante la notte di Natale.
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Booth e Bones indagano sui resti di una donna ritrovati nelle vicinanze dell'aeroporto internazionale di Los Angeles. L'identificazione della donna è ostacolata dai numerosi interventi di chirurgia estetica ai quali si è sottoposta mentre era in vita.
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Il cadavere bruciato di una donna viene ritrovato in un'auto e dai primi rilevamenti sembra che suo figlio sia stato rapito. Brennan e Booth sospettano del padre, Carl Decker, ma le indagini rivelano che l'uomo fa parte del programma di protezione dei testimoni dell'FBI.
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Brennan e Booth indagano sul corpo di un ragazzo ritrovato in un vicolo vestito in maniera bizzarra. Indagando sull'identità della vittima, i due scoprono che il ragazzo conduceva segretamente una doppia vita.
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Bones e Booth indagano su un corpo ritrovato nel portabagagli dell'auto di un ragazzo appartenente a una gang di strada. Mentre viene interrogato sul posto, un'auto piomba sulla scena esplodendo colpi d'arma da fuoco e permettendo al sospettato di fuggire. Brennan e Seeley seguono la pista che li porta ad una tomba vuota e alla casa di un senatore, dove il sospettato lavorava come giardiniere.
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Brennan e Zack sono chiamati sulla scena di un incidente dove un piccolo jet, con a bordo un diplomatico Cinese e una donna, si è schiantato al suolo. Mentre stanno raccogliendo le prove, Brennan trova dei frammenti ossei che non appartengono a nessuno dei passeggeri, ma che potrebbero essere di un uomo scomparso cinque anni prima. Il capo di Bones, il Dott. Goodman, ordina a Temperance e alla squadra di lavorare soltanto sui resti del diplomatico, ma Bones non si da per vinta e continua a indagare sui frammenti ossei ritrovati.
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Brennan ha un appuntamento con un uomo conosciuto su internet, ma mentre si trova fuori al ristorante, si ritrova a essere il bersaglio di una sparatoria. Le indagini concludono che il killer potrebbe essere connesso a ognuno dei due casi sui quali sta lavorando al momento. Booth decide di occuparsi personalmente della sicurezza della sua partner, ma rimane seriamente ferito durante un altro attentato.
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Booth e Brennan indagano sui resti di una donna ritrovati in un tunnel sotterraneo; la vittima stava girando un documentario sui senza tetto che hanno fatto dei tunnel la loro casa. Per risolvere il caso, Temperance deve guadagnarsi la fiducia di uno di loro.
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Mentre si trova in vacanza, Angela chiede aiuto a Temperance per l'identificazione di un teschio ritrovato nel deserto, che lei sospetta possa appartenere al suo ragazzo scomparso di recente insieme a una guida del posto. Brennan e Booth raggiungono Angela e si incaricano delle indagini che portano alla scoperta di un giro di contraffazioni.
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Booth e Brennan si occupano del caso che riguarda un osso vecchio di 300 anni e un pozzo sottomarino dove si nasconde un fantomatico tesoro. Hodgins si aggrega alla indagini ed è felice del cambiamento nella routine quotidiana del laboratorio, tuttavia l'eccitazione iniziale si trasforma ben presto in paura quando si trova in pericolo di vita.
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Brennan prende un periodo di permesso per andare a New Orleans, per aiutare le autorità locali a identificare le vittime dell'uragano Katrina. Si risveglia nel suo albergo frastornata e ricoperta di sangue senza nessun ricordo di quello che è accaduto. Booth arriva immediatamente sul posto per aiutarla, appena in tempo per scoprire che Brennan è accusata dell'omicidio del medico legale. Ripercorrendo i fatti, i due si trovano immersi nel misterioso mondo del voodoo.
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La squadra accorre in aiuto di Amy, la figlia del Direttore Sam Cullen. La ragazza ha subito un trapianto di osso e dopo l'intervento ha sviluppato una rara forma di cancro ai polmoni. Temperance scopre che altri pazienti dell'ospedale hanno contratto dei tumori dopo essersi sottoposti a interventi e decide di andare a fondo della questione.
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Brennan e Booth indagano sul caso di un apparente suicidio nel Cimitero Nazionale di Arlington, dove vengono seppelliti i caduti. Presto scoprono che il suicidio è in realtà un omicidio e che la vittima ha prestato servizio in Iraq. Le indagini evidenziano una serie di discrepanze che riguardano la squadra della vittima, coinvolta nell'uccisione di alcuni terroristi. Analizzando le prove, Brennan scopre che il soldato è stato ucciso per coprire la verità su quanto accaduto al fronte. Booth si confida con Temperance e ripercorre dei ricordi dolorosi appartenenti al suo passato come tiratore scelto dei marines.
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Brennan riceve delle ossa da identificare, ma dalla ricostruzione effettuata da Angela, scopre che lo scheletro appartiene a sua madre. Temperance rimane sconvolta dalla notizia, e fa di tutto per accertarsi che i resti siano effettivamente quelli di sua madre, scomparsa 15 anni prima insieme a suo padre. Booth avvia un'indagine sul caso e scopre delle informazioni scioccanti sui genitori di Temperance.
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