Lilly Wachowski manca dal cinema da quasi dieci anni quando diresse con la sorella Lana Jupiter - Il destino dell'universo, non partecipando alla regia di Matrix Resurrections. Negli ultimi anni le Wachowski hanno deciso di proseguire la carriera con progetti individuali.
La serie Showtime Work in Progress e un film intitolato Trash Mountain, poi probabilmente accantonato, sono stati i progetti ai quali si è dedicata Lilly Wachowski negli ultimi anni ma la regista ora è pronta per tornare con diverse idee in cantiere.
Sci-fi
In una recente intervista con Autostraddle, Lilly Wachowski ha confessato di essere impegnata nella lavorazione di diversi progetti a tema trans nel genere fantascienza:"Sono coinvolta negli adattamenti di un paio di diversi libri trans" ha spiegato la regista.
"Manhunt di Gretchen Felker-Martin e Confessions of the Fox di Jordy Rosenberg. Sto cercando di fare un adattamento di questo meraviglioso fumetto chiamato Cosmoknights insieme ad Emily Andras, la donna dietro Wynonna Earp. Sono lesbiche nello spazio! È fantastico! Quindi sono dappertutto! Sto cercando di fare tutto questo nello stesso tempo!" ha esclamato.
Lilly e Lana Wachowski sono conosciute per film di fantascienza particolarmente ambiziosi e ad alto budget come Matrix, Matrix Reloaded, Cloud Atlas, Speed Racer e Jupiter - Il destino dell'universo, senza dimenticare il debutto dietro la macchina da presa del 1996, Bound - Torbido inganno, considerato tra i migliori neo-noir degli anni '90.
Nel 2021, Lana Wachowski è tornata da sola e senza la sorella alla regia del franchise Matrix Resurrections, l'ultimo capitolo della saga con Keanu Reeves nei panni di Neo, che cambiò il cinema sci-fi con il primo film uscito nelle sale nel 1999, lanciando le sorelle Wachowski nell'olimpo delle registe più acclamate a Hollywood. Dal 20115 al 2018, lavorarono anche in tv alla serie Sense8 come produttrici esecutive per 12 dei 24 episodi.