Lucio Battisti è morto il 9 settembre del 1998, ma le cause della morte ancora oggi non sono state chiarite. La famiglia chiese all'ospedale il massimo riserbo e il comunicato ufficiale parlò di "complicanze in un quadro clinico severo sin dall'esordio".
Lucio Battisti aveva solo 55 anni quando è morto all'Ospedale San Paolo di Milano: il cantautore era stato ricoverato tra il 29 agosto ed il 30 agosto 1998. Dopo circa una settimana le condizioni del cantante di Emozioni si aggravano e l'8 settembre viene spostato in terapia intensiva. Lucio Battisti si aggrava ulteriormente durante la notte, il figlio Luca e la moglie Grazia Letizia Veronese vengono chiamati d'urgenza, il cantante muore la mattina del 9 novembre dopo aver ricevuto l'estrema unzione dal cappellano dell'ospedale. Poche ore il direttore generale Franco Sala dell'Ospedale San Paolo emette un comunicato che precisa che il cantautore "nonostante tutte le cure dei sanitari che lo hanno assistito è deceduto per intervenute complicanze in un quadro clinico severo sin dall'esordio".
La mancanza di spiegazioni ha fatto nascere col tempo svariate teorie: la stampa apprese che Lucio Battisti era da tempo sottoposto a dialisi. Secondo alcune voci, mai confermate, Lucio Battisti è morto perché il fegato era stato attaccato da un linfoma maligno. Per qualcun altro invece era stato colpito da una grave forma di glomerulonefrite.
Il riserbo della famiglia sulla morte di Lucio Battisti si è protratto negli anni. Anche i funerali si svolsero in forma privata a Molteno e furono ammesse circa venti persone. Lucio Battisti fu seppellito al cimitero di Molteno. Dopo aver perso una causa legale con il comune, i familiari di Battisti, il 6 settembre 2013, fecero riesumare la salma e la trasferirono a di San Benedetto del Tronto per poi cremarla.