L'inizio della nona serie di CSI: Crime Scene Investigation arriva puntuale e sconvolgente come lo scoppio di una bomba a orologeria: nelle prime sequenze assistiamo paralizzati all'uccisione di Warrick da parte del detective corrotto Jeffery McKeen il quale, dopo aver sparato a bruciapelo all'agente della CSI mentre questi si trovava all'interno della sua auto parcheggiata in un vicolo, si allontana con disinvoltura e chiama la polizia. Difficilmente si poteva immaginare un incipit più sconvolgente di questo: assieme a Warrick se ne va un pezzo di CSI, e l'unica speranza di rivedere l'agente di colore sarà d'ora in poi legata a sporadici flashback.
Gil Grissom sente l'allarme alla radio e si precipita nel vicolo, dove trova l'amico che sanguina copiosamente dal collo, raggiunto dai colpi di McKeen. Il capo della Csi sostiene l'amico morente, chiedendogli di tenere duro, di lottare. L'agente Brown muore però tra le sue braccia.
Quando sorge il sole, la squadra è ancora nel vicolo, impegnata a indagare nonostante la tristezza che incombe su tutti i suoi membri. Anche in laboratorio, la notizia della morte di Brown ha seminato ovunque tristezza e disperazione.
Sara e Greg Sanders fanno una scoperta incredibile nell'appartamento di Warrick: l'agente Brown aveva un figlio e stava lottando per ottenerne l'affidamento. I due trovano poi un dvd nel quale si vede un colloquio psicologico sostenuto da Warrick, e lo mostrano a Grissom: dal video emerge tutto il rispetto che Brown nutriva verso di lui.
A questo punto, il team fa ritorno nel vicolo per mettere alla prova la versione di McKeen. Qualcosa non quadra, perché la notte dell'omicidio una discoteca mandava musica a tutto volume nel vicolo, pertanto la versione di McKeen, che affermava di aver udito degli spari dalla strada, fa acqua da tutte le parti. Adesso bisogna incastrarlo.
Catherine compie un piccolo miracolo, riuscendo a ricavare delle impronte parziali dai piccolissimi proiettili calibro 25 trovati nell'auto di Warrick insieme all'arma del delitto. Le impronte sono quelle di McKeen, e la rete si stringe sempre di più attorno al poliziotto corrotto.
Questi si è nel frattempo incontrato con Pritchard nell'hotel dove l'uomo è nascosto. McKeen gli spiega che intende scortarlo personalmente fino al confine col Messico, poi lo lascerà libero. Pritchard accetta.
Nick Stokes e Jim Brass si mettono sulle tracce dell'auto accompagnati da un elicottero. Intanto Grissom e gli altri stanno triangolando il segnale del cellulare di McKeen guidando i due uomini nella direzione dei fuggitivi. Superata una curva, Brass e Stokes individuano l'auto di McKeen ribaltata in un fossato oltre il guard-rail. Nell'auto c'è soltanto Pritchard col collo spezzato. Nick nota una scia di sangue e si avvia nel bosco. McKeen è steso ai piedi di un albero con una ferita d'arma da fuoco all'addome: gliel'ha procurata Pritchard durante una lite in macchina. Il detective confessa l'omicidio e sfida Stokes a fare giustizia sparandogli, ora che ne ha l'occasione. Nick appare combattuto per alcuni secondi, poi si sfoga scaricando un colpo a terra. Finalmente, McKeen viene assicurato alla giustizia.
L'ultima sequenza di questa sconvolgente prima puntata è un sentito commiato a Warrick Brown. Il capo della Csi nonché mentore dell'agente di colore, ne tesse le lodi in un commosso elogio funebre: "Come agenti della polizia scientifica, noi incontriamo le persone quando hanno appena perso un parente o un coniuge. Per confortarli, siamo addestrati a pronunciare la frase 'Mi dispiace per la sua perdita'. Ma adesso possiamo capire che quello che offriamo non è un gran conforto". Alla fine, il cordoglio ha la meglio e gli lascia solo il tempo di dire "Mi mancherà così tanto", prima che la sua voce si rompa in un pianto disperato. Titoli di coda.