La sesta stagione della serie televisiva Star Wars: le guerre dei Cloni (6), composta da 13 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 15 Febbraio 2014 al 7 Marzo 2014. Disponibile in Italia dal 21 Novembre 2015 al 21 Novembre 2015.
Un Clone conosciuto con il nome Tup soffre di un grave disturbo neurologico e causa la morte di un maestro Jedi. Anakin accompagna Tup a Kamino per farlo esaminare e scoprire i motivi dell’omicidio.
Tup è sottoposto a una visita medica nei laboratori sterili di Kamino per scoprire i motivi dell’inaspettato attacco contro il Maestro Jedi. Affinché l'esame abbia successo, il soldato Fives deve entrare nella profondità della mente di Tup.
Il Clone Tup viene trasportato di nuovo a Coruscant, dove il suo corpo deve essere esaminato dal medico personale del Cancelliere. Nel frattempo Fives continua a studiare la questione e fa delle scoperte inquietanti.
Fives continua a cercare delle risposte che spieghino il comportamento di Tup. Nel tentativo di parlare personalmente con Palpatine, Fives si trova improvvisamente accusato di aver tentato di uccidere il cancelliere.
Padmé Amidala è su Scipio per finanziare una missione umanitaria quando viene chiamato da Rush Clovis, un suo vecchio amico, che vuole essere aiutato debellare a la corruzione presente nel Clan Bancario.
Clodoveo, noto traditore della Repubblica, tornato sul pianeta Coruscant fa un accordo e viene messo alla testa del Clan Bancario.
Rush Clovis, dopo aver fatto un patto con il conte Dooku nel tentativo di risollevare le sorti del Clan Bancario, scopre di essere diventato una pedina nei piani di Dooku.
Un'antica profezia minaccia l'equilibrio spirituale del pianeta Bardotta, e Jar Jar con l’aiuto di Mace Windu indaga per trovare una soluzione.
Jar Jar e Mace Windu scoprono che la regina Julia del pianeta Bardotta è stata rapita dal sanguinario Culto Frangawl per realizzare un'oscura e antica profezia.
Una missione Jedi trova una spada laser appartenente al Maestro Sifo-Dyas, morto da molto tempo. Yoda, Obi-Wan e Anakin iniziano ad indagare sulla sua scomparsa.
Yoda è profondamente turbato quando riconosce come appartenente a Qui-Gon Jinn la voce che sente arrivare dall’oltretomba.
Lasciandosi guidare dalla Forza, Yoda viaggia nel cuore della galassia verso un mondo antico che è una delle fonti della Forza e la fonte dei Midi-Chlorian. Qui deve sottoporsi alle prove delle cinque sacerdotesse che detengono tutti i segreti dell'immortalità.
Yoda, dopo aver superato le prove a cui si era sottoposto, va a Moraband, l’antico pianeta natale dei Sith, qui deve affrontare un antico male determinato a governare la galassia.