La quinta e ultima stagione della serie televisiva Nikita - La femme Nikita (La Femme Nikita), composta da 8 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 7 Gennaio 2001 al 4 Marzo 2001. Disponibile in Italia.
Trama di Nikita - La femme Nikita 5. Dopo la verifica e i cambiamenti apportati da Nikita e dopo il suicidio di Madeline, la Sezione Uno ha cambiato faccia. Michael è dato per morto durante una missione suicida e Nikita non è più un agente operativo. Tuttavia Mr. Jones le chiede di tornare alla base per una missione importante e lei accetta. Durante il lavoro, Nikita comincia a trovare degli indizi rivolti a lei che le indicano le motivazioni reali del suo reclutamento, nonchè l'identità di suo padre, un operativo dal nome in codice Flavius. Quinn, una new entry nello staff della Sezione, adatta il programma creato da Birkoff per creare una versione olografica di Madeline, ma Operations si fa prendere dalla nostalgia e passa troppo tempo a ricordare i vecchi tempi con la cyber Madeline piuttosto che seguire le missioni sul campo, mettendo in pericolo la vita degli operativi e il successo delle missioni. Nikita trova finalmente suo padre, il vero Mr. Jones, ma il lro è un incontro poco emotivo e lui è totalmente preso dal suo lavoro. Informa sua figlia che il Collettivo ha una talpa all'interno della Sezione Uno e che lui sospetta di Operations e di O'Brien, ma ha in mente anche una terza possibilità: Michael. Nikita ammette che Michael potrebbe essere ancora vivo, ma non accetta l'idea che possa tradire la Sezione. Purtroppo il Collettivo riesce a penetrare il sistema di difesa del network del Centro e scopre dove si trova Adam, il figlio di Michael, il quale è da poco rientrato alla base per dare una mano ai vecchi colleghi tartassati dagli attacchi incessanti dei nemici. Quando Michael scopre che suo figlio è stato rapito, non esita a rapire Mr Jones a sua volta per usarlo come leva di scambio. A questo punto tutto è nelle mani di Nikita che si trova di fronte al suo destino: occupare il posto di suo padre come capo del Centro e prendere il ruolo di Operations nella Sezione Uno. L'amore che prova per Michael dovrà attendere, perchè adesso Adam ha bisogno di lui, ma il legame che li unisce ha superato molte terribili prove e Nikita sa che un giorno il suo Michael tornerà da lei.
Mr Jones chiede la collaborazione di Nikita per un'ultima missione, così lei ritorna per infiltrarsi in un summit di varie organizzazioni terroristiche. Con lei ch'è Marco O'Brien, il rimpiazzo di Michael , poliziotto incastrato da Nikita per reclutarlo nella Sezione Uno.
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Nikita comincia a scoprire degli indizi che le spiegano perchè è stata reclutata dalla Sezione Uno. E' possibile che suo padre fosse un operativo, nome in codice Flavius, e che lei abbia un fratello o sorella il cui nome comincia per 'M'. Quinn apporta delle modifiche al programma di Intelligenza Artificiale di Birkoff per costruire una replica olografica di Madeline, completa della sua memoria e del suo profilo psicologico. Ma Operations comincia a trascorrere troppo tempo con la copia di Madeline, apportandogli delle modifiche, trascurando il suo lavoro e mettendo a rischio la squadra di Nikita.
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La ricerca di suo padre, porta Nikita in una casa che però esplode. Nikita incarica Walter e Jason di decifrare il disco che è riuscita a trovare sul posto. Le informazioni portano alla casa di cura dove Michael ha lasciato Adriana, ed è un colpo di fortuna per Nikita che ha bisogno di una cura per gli effetti a lungo termine del processo Gelman, cura che può essere sintetizzata usando campioni dei tessuti di Adriana. Chi è che sta lasciando questi indizi a Nikita, Michael o suo padre? E O'Brien è dalla sua parte o gioca per Operations?
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Qualcuno s'introduce nella Sezione e nella stanza di Nikita e lei è determinata a scoprire chi e perchè l'ha portata alla Sezione Uno. Organizza una missione per Mr Jones da eseguire nei panni di Mick Schtoppel, mandandolo a un incontro con un trafficante di armi che ha delle connessioni con il Collettivo. Nikita si chiede se Operations le stava dicendo la verità quando le ha parlato di Mr Jones e se il suo accanimento per la ricerca della verità non sia un errore. Nel frattempo Quinn continua a provarci con Operations, ma quali sono le sue vere intenzioni.
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Nikita si trova finalmente faccia a faccia con suo padre, il vero Mr Jones, ma l'incontro è tutt'altro che emotivo, anzi, Jones va dritto al punto e manda Nikita in missione per scoprire chi è la talpa del Collettivo nella Sezione Uno. Jones è convinto che si tratti di Operations o di O'Brien. Nel frattempo i due capi del Collettivo, Graff e Haled, si scontrano sulle tattiche da adottare e se fidarsi delle notizie avute dalla talpa. Quando l'identità della spia è svelata le cose non si mettono bene per Nikita o per la Sezione.
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Nikita e Mr Jones stanno indagando sulla spia che il Collettivo ha piazzato all'interno della Sezione. Jones è convinto che si tratti di O'Brian, Nikita sospetta di Operations, ma c'è una terza possibilità, che Michael sia ancora vivo e che sia lui la spia. Nikita ammette che Michael potrebbe essere ancora vivo, ma è assolutamente convinta che non tradirebbe mai la Sezione. Nel frattempo Operations organizza una missione contro il Collettivo, ma il piano gli si ritorce contro. Riuscirà Nikita a salvare Operations un'ultima volta, ma soprattutto vorrà farlo?
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La situazione è disperata per la Sezione, il Collettivo continua a colpire duro. Michael contatta Nikita e le chiede di farlo rientrare per dare una mano. Tuttavia il suo ritorno è visto con sospetto sia da Mr Jones che da Operations. Mentre Micheal organizza nuove missioni per contrattaccare il Collettivo, Nikita ammette di avergli mentito e che in realtà l'ha sempre amato. Operations scopre che il mainframe è stato violato e che il Collettivo sta tentando di localizzare Adam, il figlio di Michael per ricattarlo.
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Nikita si trova di fronte al suo destino, diventare il capo della Sezione Uno. Nel frattempo Michael rapisce Mr Jones per consegnarlo al Collettivo e riavere Adam. Nikita deve prendere una decisione terribile, salvare il figlio di Michael o sacrificare il suo destino? La sua scelta cambierà per sempre la sua vita e quella delle persone intorno a lei.
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