Il caso di Mirella Gregori, scomparsa il 7 maggio 1983, è legato ad uno dei misteri più complessi e oscuri della cronaca italiana, anzi a ben due misteri, come vedremo in seguito. Quel giorno Mirella uscì da casa alle 15.30 dicendo a sua madre che aveva un appuntamento a Porta Pia con un vecchio compagno di classe, e da quel momento scompare per sempre.
Le prime indagini - La pista del Vaticano
Mirella Gregori uscì da casa dopo aver risposto al citofono ad Alessandro, un compagno delle medie, ma il ragazzo interrogato dalla polizia dimostrò che a quell'ora era da un'altra parte e fornì un alibi giudicato inattaccabile. Gli inquirenti che indagarono sulla sparizione di Mirella cominciano a pensare che qualcuno avesse attirato la ragazza in una trappola.
L'ultima a vedere Mirella fu l'amica Sonia De Vito: le due parlarono nei bagni del bar sotto casa della famiglia Gregori, gestito dai genitori di Sonia. La ragazza non fornì informazioni utili alle indagini ma gli inquirenti approfondirono le indagini su di lei, senza risultato.
Alcuni giorni prima della sparizione Mirella scherzando con la madre disse che a breve avrebbe avuto i soldi per acquistare un appartamento, una dichiarazione forse scherzosa, che non fu mai chiarita.
Due anni dopo la madre dichiarò che un uomo della scorta di Papa Giovanni Paolo II - identificato dagli inquirenti come Raoul Bonarelli - si vedeva spesso con la figlia ed un'amica nel bar sotto casa. La donna confermò l'indiscrezione al quotidiano romano Il Tempo, ma nel faccia a faccia disse di non essere sicura. Il giornalista Tommaso Nelli, nell'inchiesta pubblicata su Articolo 21 riporta che "In quel periodo Bonarelli aveva sotto controllo l'utenza di casa e, dopo esser uscito dal Palazzo di Giustizia, conversando con la moglie che gli chiese "E chi è questo della sicurezza del Papa che quella ha riconosciuto?", rispose: "Per me è uno di quelli che stava lì intorno in quel periodo, uno di quelli che collaborava pure... che ce ne ha avuti tre o quattro di questi praticoni il prete, no?!_". Nel 1997, quattordici anni dopo la scomparsa della ragazza, gli inquirenti scoprirono che effettivamente Bonarelli conosceva Mirella ed aprirono un procedimento contro di lui che non approdò a nulla.
Sempre Tommaso Nelli pubblicò nel 2016 su Cronaca&Dossier.it un documento dei nostri Servizi Segreti datato 31 ottobre 1983 nel quale si sosteneva che la figlia dei gestori del bar sotto casa dei Gregori sapeva chi era l'uomo con cui si era allontanata Mirella prima della sparizione, pista mai approfondita. Nel documento erano riportate parti di una conversazione tra la figlia dei proprietari e un'altra ragazza, "probabilmente commessa in un negozio limitrofo", nella quale la prima diceva all'altra: "...certo, lui ci conosceva, contrariamente a noi che non lo conoscevamo... quindi poteva fare quello che voleva... come ha preso Mirella poteva prendere anche me, visto che andavamo insieme..._".
La Pista Turca
Mehmet Ali Ağca, l'uomo che il 13 maggio del 1981 aveva attentato alla vita di Papa Giovanni Paolo II, ha più volte detto che la sparizione di Mirella Gregori è collegata a quella di Emanuela Orlandi, scomparsa il 22 giugno del 1983. Il 4 agosto i genitori di Mirella ricevettero una lettera del Fronte Turkesh - affiliato ai gruppo dei Lupi Grigi di Ali Ağca - in cui si chiedeva un pubblico intervento del presidente della Repubblica. A settembre arrivò una telefonata anonima che descriveva al fidanzato della sorella di Mirella gli abiti che la ragazza indossava il 7 maggio. Il 20 ottobre Sandro Pertini chiese ai rapinatori di rilasciare le due ragazze.
Qualche anno dopo l'ex-ufficiale dei servizi segreti della Germania Est rivelò che la pista turca era solo un depistaggio dei servizi di alcuni paesi del blocco dell'est come la stessa Germania dell'Est, la Bulgaria e l'Unione Sovietica. Le false piste servivano a deviare le indagini sull'attentato del Papa che puntavano verso la Bulgaria.
La Banda della Magliana
Nel luglio del 2005 a Chi l'ha visto? arrivò una telefonata anonima, la persona dall'altra parte del telefono sosteneva che per risolvere il rapimento delle due ragazze scomparse nel 1983 bisognava vedere chi era sepolto nella basilica di Sant'Apollinare e controllare "del favore che Renatino fece al cardinal Poletti". La polizia scoprì che nella basilica era sepolto Enrico De Pedis, il boss della Banda della Magliana.
Tre anni dopo fu trasmessa la versione integrale della telefonata dove l'interlocutore anonimo diceva: "chiedete al barista di via Montebello, che pure la figlia stava con lei... con l'altra Emanuela". Il bar è sempre lo stesso, quello gestito dalla famiglia di Sonia.
Nel maggio del 2012 è stata riesumata la salma di Enrico De Pedis, ma all'interno della tomba non è stato ritrovato nulla di utile ai fini dell'indagine. Il 18 maggio dello stesso anno don Pietro Vergari fu indagato per duplice sequestro di persona.
Nell'ottobre del 2015 il GIP archivia le indagini per concorso in omicidio e sequestro di persona contro monsignor Pietro Vergari, Sergio Virtù, autista del boss, Angelo Cassani detto Ciletto, Gianfranco Cerboni detto Giggetto, Sabrina Minardi e Marco Accetti. il caso di Mirella Gregori è ancora irrisolto.